又或者是真的只是為了維護道統，自認忠君愛國的他選擇了直接上書皇帝，請求禁絕天主教。
在此疏中，沈?首先指出傳教士們入華未經法定程序審查。
違反了明帝國的關禁之律，犯夷夏之防。
接下來又老調重彈天主教在意識形態和學術觀點上與在中土被奉為至尊的儒教和民間尊崇的佛教是如何地勢不兩立。
他又指責居留北京的龐迪峩、熊三拔和在南京活動的王豐肅、陽瑪諾等傳教士“廣有貲財，量人而與”，
是為了籠絡民心，圖謀不軌，將這些番僧比作安祿山、劉淵、石勒等輩。
沈?最后請求兵、禮二部會同審議，如果情況屬實，請按《大明律》處置教眾，以保國家萬年太平。
不過這樣一封言辭激烈的奏疏送達御前后不久就和其他奏牘一起淹沒在留中文書的海洋之中，并沒有引起神宗皇帝的關注。
六月份，禮科給事中余懋孳也提交了一份內容相似的奏疏，請求“辟異教、嚴海禁”。
同樣落得個“不報”的結果。
接下來兩個月北京朝廷也沒有下達任何相關的指示。
反倒是消息靈通的入教士大夫楊廷筠先收到了風聲，一面請朝中友人從中說情，一面親自致信沈?為天主教辯解。
時任左春坊、左贊善兼翰林院檢討的入教官員徐光啟聽到沈?上疏的消息也坐不住了。
連忙放下在天津的屯田工作，寫成《辯學疏稿》上呈皇帝，為龐迪峩等人辯誣，力贊這些教士“實皆圣賢之徒也。
其道甚正，其守甚嚴，其學甚博，其識甚精，其心甚真，其見甚定”，建議皇帝如果不相信這些番僧。
可以命令他們斷絕和母國的聯系，生活所需由中國商人提供，同時用連坐法監察他們。
一向視公文如毒物的萬歷皇帝倒罕見地在這封無關痛癢的奏疏上批了“知道了”三個字，然而并沒有明確表態。
與此同時，在北京的龐迪峩、熊三撥等人也從奉教官員那里知道了沈、余上書彈劾天主教眾的消息。
急于辯解的他們也在七月初寫了一篇洋洋灑灑六千多字長的揭帖，一封直達御前。
一封在京師各地廣為散發，正面反駁沈?的種種指控，企圖引起輿論同情。
不過令龐、熊二人沒想到的是，這封揭帖不但未能為自己脫身，反而給了沈?等人一個新的攻擊點，此乃后話。
不過沈?等欲置南京天主教眾于死地的官員可沒興趣與楊、徐等人打口水仗。
也沒耐心等待皇帝不知猴年馬月才能下達的指示。
他們決定先斬后奏，在洋和尚們反應過來以前將他們一網打盡。
七月二十日，西歷1616年8月31日傍晚，夏末的太陽漸漸地淹沒在大地的深處。
南京的神父王豐肅、謝務祿前面提到的陽瑪諾神父已前往廣東。
和教友們如往常一樣安靜地準備著晚禱。
忽然，留都的大街上出現了大隊全副武裝的兵馬，在途人驚異的目光中，他們很快將教士們居留的房屋包圍得水泄不通。
直至東方初露魚肚白之時，隊伍才中出來了三個軍士進入教士們的居所。
禮貌地傳達了朝廷對他們的逮捕令并把屋里屋外的一切物品詳細搜查并予以登記。
王、謝二人對這突如其來的搜捕并不感到意外。
他們在之前就已經對沈?等人的行動有所耳聞。
在南京軍隊開動的前一天，教士們已經從北京來的信使和兵部官員口中知道了留都衙門要對天主教眾采取行動的消息。
王、謝二人了解后就到教堂做了懺悔和獻祭，將堂內的貴重物品收拾好寄存到一個基督徒的家中，然后平靜地等待官兵到來。
這次下達逮捕令的人不是深居九重的萬歷皇帝，也不是發起教案的沈?，而是南京巡城御史孫光裕。
軍士們清點完房屋里的東西并將其封存好后就用轎子把王豐肅“請”到監獄。
將身體抱恙的謝務祿暫時單獨關押在一間空房子里。
直到第二天官兵才在沈?的再三催促下將謝神父押入大牢。
與此同時，南京當局也對與洋神父有關系的中國人進行逮捕。
在官兵抓捕的過程中，一位叫姚如望（教名john）的基督徒。
當著官兵的面手執黃旗，口稱“愿為天主死”。
眾位官差非常感動并把他抓回監獄審訊。
整場行動持續到八月，南京當局一共拘捕了24名教會相關人士。
里面有修士鐘鳴禮、曹秀、鐘鳴仁，有為教會做工的百姓。
還有被賣給神父的孩童，上至六十多歲下到十幾歲。
這些天主教要兒童和別人養死士差不多，不安好心
隨后籍貫遍及大江南北。
抓捕行動完成后，南京禮部于八月向城內百姓發布了一張告示，歷數這些洋教“邪黨”的罪行。
同時又申明不會傷及無辜，“只欲申嚴律令，解散其徒眾耳”，請百姓放心。
這次由巡城御史孫光裕發起的拘捕行動讓沈?頗有些意外，本來他想等待上峰命令再采取行動的。
以免予人話柄，現在既然生米已成熟飯，就只能順驢下坡一路走到黑。
干你個驢熊。
你們這群不安好心的洋鬼子，就是為了坑害漢人百姓。
沈?隨后又向神宗皇帝上了一封奏疏——《再參遠夷疏》。
里面指控教士在南京洪武王岡、孝陵衛等陵寢重地私建房屋，聚眾集會，遍傳符咒歌謠，居心叵測。
后又質疑：自己五月初上奏、七月初才見之邸報的《參遠夷疏》。
為何北京的神父七月初就已經知道且廣發揭帖回應，二十一號就“已有番書訂寄揭稿在王豐肅處矣”。
指出“狡焉丑類，而橫弄線索于其間，神速若此，又將何為乎？”。
顯示天主教徒已經在大明建立了一套屬于自己郵政系統。
沈?最后再次催促皇帝“即下明旨，容臣等將王豐肅等，依律處斷”，其他從犯如鐘明禮等也一并處置。另一邊廂則加緊對被捕教眾的審訊。
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